Uma investigação da Polícia Federal, do Ministério Público Federal e da Controladoria Geral da União aponta que a Embrapa Uva e Vinho estava sendo utilizada como empresa privada para a fabricação e comércio de vinhos com preços abaixo do mercado na região. Dois enólogos, suspeitos de participarem do esquema, perderam os cargos de supervisão que tinham na empresa pública, pelo menos até o encerramento da investigação.

Na quarta-feira, 2 de agosto, agentes da PF e representantes do MPF e da CGU estiveram na unidade da Embrapa Uva e Vinho para recolher documentos que comprovem as irregularidades. A investigação apurou indícios de fraude em licitações para compra de matéria-prima e sobrepreço na aquisição de uvas, com indicativo de que alguns fornecedores sejam vinculados a dois servidores da Embrapa Uva e Vinho de Bento Gonçalves, identificados como sendo João Carlos Taffarel, que atuava como supervisor no Setor de Gestão da Prospecção e Avaliação de Tecnologias, e Irineo Dall'Agnol, que atuava como supervisor no Laboratório de Inovação Enológica Industrial. A Polícia Federal suspeita que Taffarel e Dall'Agnol tenham utilizado produtores como laranjas para realizar a produção e comercialização dos vinhos na região com preços abaixo dos praticados no mercado.

A direção da Embrapa Uva e Vinho emitiu uma nota, onde afirma que desde o início da operação, os dirigentes da empresa estão garantindo amplo acesso e apoio às investigações. A diretoria-executiva da Embrapa determinou que gestores das áreas Jurídica e de Compras e Obras se deslocassem para Bento Gonçalves para acompanhar e auxiliar na apuração dos fatos. Na quinta-feira, 3 de agosto, Taffarel e Dall'Agnol, que são investigados pela Polícia Federal, foram exonerados dos cargos de supervisão. O afastamento deles do cargo será mantido durante as investigações e suas exonerações definitivas só devem acontecer, caso fique comprovado o envolvimento dos dois funcionários. O Ministério Público Federal de Bento Gonçalves conduz ainda um inquérito civil para a apuração de eventual cometimento de atos de improbidade administrativa por parte dos empregados públicos envolvidos. 

Além da investigação em relação à compra de uvas, o mesmo grupo investiga irregularidades em cinco obras de engenharia executadas na Embrapa nos últimos anos. Técnicos da CGU apontam que as obras foram superfaturadas, com prejuízos que ultrapassam os R$ 700 mil. Os crimes investigados são fraude à licitação,formação de quadrilha, peculato e falsidade ideológica.